Compartimos con Uds. una muy buena infografía sobre las ventajas y desventajas de las dos principales tecnologías utilizadas hoy en día para el desarrollo de juegos para la Web.
Fuente:
http://www.onemorelevel.com/html-5-vs-flash-games/
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Depende mucho el tipo de juego, hacer algo como travian es flash es mas complicado que en html5.